Η Φαιστός είναι κτισμένη πάνω σε χαμηλό λόφο (υψόμετρο 100 μ. περίπου από την επιφάνεια της θάλασσας), στα νότια του ποταμού Γεροπόταμου, του αρχαίου Ληθαίου, και δεσπόζει στην εύφορη κοιλάδα της Κάτω Μεσαράς, που περιτριγυρίζεται από επιβλητικά βουνά (Ψηλορείτης, Αστερούσια, Λασιθιώτικα Βουνά)