Το Ναυτικό Μουσείο Κρήτης περιλαμβάνει μακέτες πλοίων, διάφορα ναυτικά όργανα και συσκευές, όπως διαστημόμετρα, βαρόμετρα, ανεμόμετρα, αβάκια πορειών, ταχυτήτων, δίσκους βολής τορπιλλών, επιλέμβιες μαγνητικές πυξίδες, μετεωρολογικά όργανα, εξάντες, ουρανόσφαιρα, όργανα πηδαλιουχίας αντιτορπιλλικού κ.ά.