Στις συλλογές του Αρχαιολογικό Μουσείο Νάξου περιλαμβάνονται σημαντικότατα ευρήματα, ιδιαίτερα της πρωτοκυκλαδικής περιόδου (3200 - 2300 π.Χ.) αλλά και από τις παλαιότερες φάσεις των ιστορικών χρόνων, πολλά από τα οποία είναι μοναδικά.

Μοναδική είναι, μετά από την αντίστοιχη του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου, η συλλογή των πρωτοκυκλαδικών μαρμάρινων ειδωλίων, χωρίς να υστερούν και οι πλουσιότατες σε αγγεία συλλογές της μυκηναϊκής (τέλος 2ης χιλιετίας π.Χ.) και της γεωμετρικής περιόδου (9ος - 8ος αι. π.Χ.).