Το Αρχαιολογικό Μουσείο Πέλλας βρίσκεται στις νοτιοανατολικές υπώρειες του λόφου του ανακτόρου, στο βορειοανατολικό τμήμα του επισκέψιμου αρχαιολογικού χώρου, σε άμεση γειτνίαση με το σύγχρονο οικισμό ανατολικά. Αποτελεί τη φυσική κατάληξη του επισκέπτη του αρχαιολογικού χώρου, όπου αυτός έχει τη δυνατότητα να ανασυνθέσει τα αρχαιολογικά στοιχεία που του παρείχαν τα μνημεία κατά την περιήγησή του και να κατανοήσει τις ποικίλες πτυχές της καθημερινής, αλλά και της δημόσιας ζωής της μακεδονικής πρωτεύουσας. Γι' αυτό και οι θεματικές ενότητες της έκθεσης εναρμονίζονται με τους ανασκαφικούς τομείς του χώρου, χωρίς να είναι αποκομμένες η μια από την άλλη.