Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου στεγάζεται στο πενταγωνικό κτίριο, το οποίο ορθώνεται μπροστά από την κύρια πύλη της Φορτέτζας. Τα εκθέματα του δίνουν μια διαχρονική εικόνα της πολιτισμικής ιστορίας του νομού από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας. Παρουσιάζονται κατά χρονολογικές ενότητες και κατά ανασκαφικά σύνολα.